Il giugno del 1940 viene imbarcato sullo Scirocco, e dopo pochissimo tempo, a novembre dello stesso anno viene promosso Sottocapo.
Da Sottocapo naviga per tutto il mediterraneo sfuggendo sempre con maestria alle insidie del mare.
Nell’affondamento della nave "Esperia" che portava a bordo militari tedeschi e camicie nere italiane il Sottocapo Michele Perugini in acque ancora insidiate da sommergibili inglesi, salva e porta a bordo dello Scirocco 250 persone, operazione che gli verrà premiata con la croce a valore militare sul campo.
In seguito al salvataggio il sottocapo viene promosso Sergente Nocchiere.
Da Sergente continua la sua traversata, fino a quando, il 20/03/1942 nella battaglia della Sirte, il suo cacciatorpediniere viene affondato da un siluro e da un mare forza 10.
Dopo un’onda violentissima viene ferito il medico di bordo, il Sergente lo vede e va a portargli soccorso trascinandolo nel quadrato ufficiale, il medico sanguinante per le ferite, si sfila l’anello dalle dita e lo porge a Michele Perugini dicendogli che doveva consegnarlo alla sua fidanzata, perché egli si sarebbe salvato.
Di tutto l’equipaggio formato da 250 marinai, restano superstiti in mare ancora agitatissimo 7 marinai, tra cui anche il Sergente Michele Perugini, ma con il mare in quelle condizioni non resistono tutti, infatti dopo 3 lunghissimi giorni e tre lunghissime notti restano sulla zattera solo il Sergente Nocchiere Michele Perugini e il marinaio Frisenda Domenico, avvistati il giorno 26 marzo da un idrovolante.

- Paragrafo tratto dal libro di Gianni Rocca “FUCILATE GLI AMMIRAGLI”
…Anche gli aerei perlustrano le infide acque. Un idrovolante, la mattina del 26, vede due uomini su un battellino. Le acque sono più tranquille e l’ammaraggio può aver luogo. Sono gli unici due superstiti dello Scirocco, il Sergente Nocchiere Michele Perugini e il marò Domenico Frisenda. In tre giorni su quel mare tempestoso si erano spostati di ben 80 miglia dal punto di affondamento della nave. Confermeranno che lo Scirocco era calato a picco alle 5:45 del 23 marzo. La loro salvezza in quelle condizioni, ha del miracoloso.